南京农业大学医院是一所经南京市卫计委批准注册，为师生员工提供基本医疗和公共卫生服务工作的综合性医院。自1979年南京农业大学复校以来，在学校的支持下，医院得以不断发展,从当时只有9人的医务室到后来14人的保健科，1995年经南京市卫生局审定为“综合门诊部”，1998年在校领导的关心下，经南京市卫生局审批为一级医院。现有职工近50人，其中高级职称8人，中级职称17人。

多年来,校医院认真贯彻教育部、卫生部颁布的《学校卫生工作条例》，坚持“以病人为中心，以质量为重点”，医疗条件不断得到改善。目前，医院配置有X射线计算机体层摄影（CT）、全自动数字化摄片影像系统（DR）、医用高频遥控X射线透视机、口腔牙片机、全自动生化仪、全自动血流变仪、彩色B超机、心电图机、口腔综合治疗椅、耳鼻咽喉科综合治疗台、颈椎腰椎牵引机、磁热振治疗仪、温热式低周波治疗仪、超短波治疗仪、红外偏振光治疗仪、电子针疗仪、生物治疗灯等先进的医疗设备。门诊科室设有内科、外科、妇科、儿科、耳鼻咽喉科、口腔科、全科医疗科、中医科、理疗科、检验科、放射影像科、预防保健科、护理部、药剂科，病房床位20张。

医院紧紧围绕以做好面向全校师生员工的基本医疗、预防保健、公共卫生、教职工和大学生医保管理为中心，充分发挥校医院在服务育人中的保障作用，为我校教育的快速发展保驾护航。

承担的主要任务为：

（1）提供常见病、多发病的诊治工作；

（2）定期开展健康检查，监测师生员工的健康状况；

（3）组织开展健康教育，提高师生员工健康意识和健康水平；

（4）负责常见传染病的防控，为学校公共卫生安全提供技术指导；

（5）承担学校师生医保管理和日常工作；

（6）承担学校免疫接种的管理和服务工作；

医院注重医德医风建设，教育全体职工树立全心全意为师生员工服务的意识，不断提高服务满意度，着力提升医疗服务的质量和水平。党支部先后四次被校党委授予“先进基层党组织”称号；计划免疫、计划生育管理、大学生医保管理工作多次被南京市、玄武区评为“先进单位”、管理人员获得 “先进个人”；多人获得学校党委 “优秀党员”荣誉称号、“江苏省高等学校优秀党员”、 “省高校后勤系统先进个人”、 “全国高等农业院校后勤系统先进工作者”、江苏省高校应急救护竞南京片区一等奖第一名和江苏省高校应急救护竞赛医护组一等奖。